Semarang—Banjir merendam jalur kereta api antara Stasiun Pekalongan dan Sragi di Kabupaten Pekalongan sejak Sabtu dini hari, membuat rel tergenang air hingga sekitar 10 sentimeter di atas kepala rel. Kondisi ini menyebabkan jalur Pantura Jawa Tengah dinyatakan tidak aman dilintasi KA.
PT Kereta Api Indonesia Daop 4 Semarang pun memberlakukan pola operasi khusus. Sejumlah kereta dari arah barat dialihkan berputar melalui jalur selatan, melewati rute Tegal–Prupuk–Kroya–Solobalapan–Gundih–Gambringan hingga ke Semarang Tawang. Beberapa perjalanan juga dibatalkan demi keselamatan penumpang.
Dalam upaya menjaga layanan tetap berjalan, PT KAI menyiapkan lokomotif khusus yang mampu melintasi genangan air, serta terus memantau situasi banjir agar perjalanan kereta api dapat kembali normal secepatnya.