Presiden Prabowo Subianto memberikan amnesti kepada Gus Nur, terpidana kasus penyebaran informasi soal dugaan ijazah palsu Presiden Jokowi. Gus Nur sebelumnya divonis enam tahun penjara karena membuat podcast bersama Bambang Tri Mulyono yang dianggap menyebarkan berita bohong dan menimbulkan kericuhan. Namun pada proses banding, hukuman Gus Nur dikurangi menjadi empat tahun penjara dan denda Rp400 juta berdasarkan UU ITE.
Gus Nur bukan sekali ini saja tersandung masalah hukum. Ia pernah dijatuhi hukuman 1,5 tahun penjara pada 2019 karena ujaran kebencian terhadap pemuda NU lewat vlog berjudul “Generasi Muda NU Penjilat”. Kasus tersebut dilaporkan oleh kader NU dan diproses hingga ke pengadilan yang akhirnya memvonis Gus Nur bersalah melanggar UU ITE. Ia dinyatakan menyebarkan konten bermuatan penghinaan terhadap kelompok tertentu.
Selain itu, Gus Nur juga dilaporkan ke polisi oleh Aliansi Santri Jember setelah wawancara di YouTube bersama Refly Harun. Dalam video itu, ia mengibaratkan NU seperti bus umum yang kacau dan isinya kelompok radikal. Gus Nur merespons laporan tersebut dengan santai, menyebut sudah biasa dilaporkan oleh Anshor-Banser dan merasa kelompok itu memang tidak pernah bisa menerimanya. Meski demikian, ia mengaku tetap menjalin hubungan baik dengan sebagian tokoh NU.